Der Name "Xochimilco" kommt aus dem Nahuatl und bedeutet "Blumenfeld". Dies bezieht sich auf die vielen Blumen und anderen Pflanzen, die hier in Chinampas seit vorspanischer Zeit angebaut wurden.

Die Xochimilcas waren Bauern und bildeten ihre erste Regierung unter einem Führer namens Acatonallo. Ihm wird die Erfindung des Chinampa-Landwirtschaftssystems zugeschrieben, um die Produktion zu steigern. Diese Chinampas wurden schließlich die Hauptproduzenten von Getreide wie Mais, Bohnen, Chilischoten, Kürbis und mehr. Die Stadt Xochimilco wurde 919 gegründet. Im Laufe der Zeit wuchs sie und dominierte andere Gebiete auf der Südseite der Seen wie Micquic, Tláhuac, Culhuacan und sogar Teile des heutigen Bundesstaates Morelos. Xochimilco hatte in vorspanischer Zeit einen Herrscher, der nirgendwo sonst in Mesoamerika zu finden war. Ihm wird zugeschrieben, dass er der Küche der Region eine Reihe von unverwechselbaren Gerichten hinzugefügt hat, darunter Necuatolli, Chiliatolli (Atole mit Chilipfeffer), Esquites und Tlapiques.