El nombre "Xochimilco" proviene del náhuatl y significa "campo de flores". Esto se refiere a las muchas flores y otras plantas que se han cultivado aquí en Chinampas desde la época prehispánica.

Los Xochimilcas eran agricultores y establecieron su primer gobierno bajo un líder llamado Acatonallo. Se le atribuye la invención del sistema de agricultura chinampa para aumentar la producción. Estas chinampas eventualmente se convirtieron en los principales productores de cultivos como maíz, frijoles, chiles, calabaza y más. La ciudad de Xochimilco fue fundada en 919. Con el tiempo, creció y dominó otras áreas del lado sur de los lagos como Micquic, Tláhuac, Culhuacan e incluso partes del actual estado de Morelos. Xochimilco tenía un gobernante que no se encontraba en ningún otro lugar de Mesoamérica en la época prehispánica. Se le atribuye haber agregado una serie de platos distintivos a la cocina de la región, que incluyen necuatolli, chileatolli (atole con ají), esquites y tlapiques.